O Conselho de Administração é o órgão de deliberação colegiada responsável pela orientação superior da Companhia, composto por sete a onze membros, eleitos pela Assembleia Geral, todos com mandato unificado de dois anos e reeleição permitida.
Integram o Conselho de Administração do Metrô o diretor-presidente da Companhia e representantes dos empregados, acionistas minoritários e membros independentes, conforme estabelecido pelo Estatuto Social.
Entre as suas atribuições estão aprovar o Planejamento Estratégico, o Plano de Negócios, orçamentos e dispêndios, além de promover anualmente a análise do atendimento das metas e resultados, entre outras.